Accélérer le pipeline de recherche avec Logibec NOAH et i2b2

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La recherche clinique joue un rôle central dans les progrès réalisés en médecine et dans l’amélioration des traitements offerts aux patients. Il est notoriété publique que la recherche est un processus long et ardu qui s’avère très gratifiant pour ceux qui publient. Qu’il s’agisse d’identifier les hypothèses de recherche appropriées, d’obtenir le financement, d’identifier et de recruter des groupes de patients, de recueillir et d’analyser des données, voire de publier et de promouvoir les conclusions des recherches, chacune des étapes prend du temps et peut nécessiter le recours à une méthodologie particulière, selon la spécialité clinique en cause.

 

Pour accélérer le pipeline de recherche, certains centres de recherche se tournent vers l’élaboration de leurs propres solutions informatiques. Cependant, la plupart des solutions ne parviennent pas à combler les besoins en matière de recherche ou deviennent rapidement obsolètes du fait qu’elles sont fondamentalement limitées à l’expertise et à l’expérience dont jouit le personnel interne responsable de l’informatique et qu’elles peuvent être privées des mises à jour périodiques qui s’avèrent nécessaires alors qu’évoluent les besoins au chapitre de la recherche.

 

Logibec NOAH dote les chercheurs d’une gamme diversifiée de fonctions :

Un bac à sable

Logibec NOAH facilite l’agrégation des dossiers de santé électroniques (DSE) et propose des outils conviviaux pour soumettre des millions de DSE à des interrogations. En ayant recours aux fonctions booléennes « AND » (ET) et « OR » (OU), les utilisateurs peuvent soumettre l’ensemble des DSE des centres de recherche et des organisations de santé participants à des recherches. Ils ont également accès à une base de données d’un million de DSE de patients types simulés calqués sur les propriétés cliniques de la population du Massachusetts.

Logibec NOAH fait office de bac à sable pour vérifier combien de personnes correspondent à des critères d’inclusion et d’exclusion spécifiques. Fait plus significatif encore, Logibec NOAH contribue à déterminer si l’on dispose d’un nombre suffisant de patients pour valider un ensemble donné d’hypothèses. Qu’il s’agisse de tester les critères d’inclusion et d’exclusion ou d’engager une étude de recherche, le flux des travaux peut ne nécessiter que quelques minutes à peine. Les chercheurs peuvent réaliser un nombre illimité de permutations d’interrogations jusqu’à ce qu’ils trouvent ce qu’ils cherchent [4, 5].

 

Un outil pour accélérer l’identification des cohortes

Avec Logibec NOAH, les chercheurs ont accès aux DSE de leurs propres centres de recherche de même qu’à ceux des centres de recherche qui collaborent avec eux. En quelques minutes à peine, ils peuvent déterminer le nombre de patients sur lesquels leur étude pourrait éventuellement porter. Ils peuvent également consulter des renseignements essentiels tels que les centres de recherche qui stockent les données ainsi que leurs coordonnées. L’identification des cohortes de patients désirées, voire le fait de déterminer qu’il n’y a pas suffisamment de patients, a une incidence marquée sur l’orientation des travaux de recherche et sur la façon de structurer une demande de subvention.

Ce type d’information s’avère extrêmement utile pour permettre aux chercheurs de surmonter le processus ardu qui consiste à identifier les patients, augmente les chances de recevoir du financement et accélère le pipeline de recherche.

 

Une fédération mondiale de DSE dépersonnalisés

Logibec NOAH fait office de point de référence unique pour identifier les cohortes de patients. Cette plateforme peut être utilisée pour réaliser des recherches au sein d’une organisation ou au niveau d’une fédération de partenaires. Bien que chaque partenaire de recherche conserve le contrôle et assume la pleine propriété de ses DSE, il peut choisir d’adhérer à une fédération régionale ou globale de DSE dépersonnalisés. De multiples alliances ont déjà été constituées au sein d’un réseau de plus de 200 centres de santé universitaires importants répartis sur cinq continents [6].

 

Un outil de collaboration

En parvenant à extraire de l’information sur les centres de recherche qui logent les DSE de cohortes de patients spécifiques, les chercheurs peuvent engager des collaborations avec des hôpitaux, des centres et/ou des laboratoires [7]. Lorsqu’une organisation choisit de partager ses DSE par le truchement de Logibec NOAH, d’autres laboratoires peuvent décider de se manifester en vue de collaborer aux études auxquelles prennent part leurs patients.

 

Une base de données adaptée à n’importe quel domaine

Les chercheurs peuvent choisir s’il y a lieu 1) de soumettre la base de données existante à une recherche, ou 2) d’ajouter leurs données à la base de données tout en faisant en sorte que seuls eux-mêmes puissent y accéder. Une telle approche leur permet de formuler des interrogations qui incluent leurs propres informations, ou 3) d’ajouter leurs données et de contribuer à la base de données pouvant faire l’objet d’une recherche. Les utilisateurs sont dès lors en mesure de conserver plein contrôle de leurs propres données, des cohortes qu’ils identifient par le truchement de leurs interrogations, en plus de déterminer comment ils choisissent de s’en servir.

La base de données des DSE peut être enrichie de nombreuses façons, y compris avec des notes cliniques et des conclusions des recherches. Elle touche toutes les spécialités dont, à titre d’exemples importants, la pédiatrie, la génomique, la protéomique, la radiologie, la neurologie, la cardiologie, l’oncologie et la psychiatrie.

 

Respect de la vie privée et sécurité des patients

Le respect de la vie privée des patients est essentiel. Les renseignements relatifs aux patients qui sont partagés sont soumis à un rigoureux processus de dépersonnalisation et de chiffrement qui a pour objectif d’en supprimer tous les identificateurs personnels, en vue de se conformer à ce que prévoit la Loi sur la protection des renseignements personnels et les documents électroniques (LPRPDE). Le processus de dépersonnalisation et de chiffrement est pris en charge par Logibec NOAH.

La ré-identification des patients ne peut être réalisée que par l’organisation de santé ou de recherche qui assure la prestation de soins aux patients. Toutes les demandes de ré identification de patients ainsi que de renseignements additionnels sont automatiquement soumises au comité d’examen institutionnel de l’organisation de santé.

 

Accessibilité, gouvernance et rapidité

Toutes les interactions avec la base de données, comme les recherches portant sur les cohortes de patients, la transformation des données ou le téléchargement des résultats des interrogations, sont réalisées sur un clone du fichier de données d’origine. On s’assure ainsi de préserver les données d’origine, tandis que les utilisateurs réalisent autant d’itérations de recherche qu’ils le souhaitent.

Pour augmenter le niveau de fonctionnalité et de contrôle, les utilisateurs peuvent toujours consulter l’enchaînement de leurs interrogations de recherche. Ils peuvent ainsi déterminer comment les résultats ont évolué au fil de chacune des recherches ou auprès de chacun des utilisateurs de leur laboratoire. Cette approche offre également une mesure de souplesse permettant aux utilisateurs de revenir à un résultat de recherche antérieur tout en connaissant l’enchaînement de son évolution. Une telle fonction de traçabilité s’avère utile pour les audits internes.

 

Puissance de calcul et souplesse

Logibec NOAH a recours à l’informatique en nuage. Le recours à un système informatique en nuage sécurisé présente de nombreux avantages, dont le fait :

  1. de disposer de la puissance de calcul nécessaire pour soumettre de grandes bases de données à des recherches sans qu’il y ait d’incidence sur la vitesse de traitement;
  2. de prendre en charge de multiples utilisateurs simultanés sans incidence sur la vitesse de traitement;
  3. d’éviter d’avoir à faire l’acquisition de serveurs internes et à les installer, en plus d’avoir à embaucher le personnel informatique chargé d’en assurer la maintenance;
  4. d’éviter les périodes de non-disponibilité imputables à l’infrastructure interne;
  5. de réduire les délais de mise en œuvre au moment de l’accès à la base de données.

 

Conclusion

Avec la mondialisation, l’augmentation de la puissance de calcul, l’informatique en nuage, le recours aux dossiers de santé électroniques, l’émergence de l’intelligence artificielle et les solutions de collaboration de type source ouverte, il est désormais possible d’abréger un certain nombre d’étapes du pipeline de recherche, celles-ci passant de quelques mois à quelques minutes. Ces solutions technologiques sont indépendantes de la spécialité en cause, ce qui facilite la recherche translationnelle, les collaborations interdisciplinaires, en plus de permettre aux chercheurs de formuler des questions de recherche ayant plus d’impact.

En accélérant le pipeline de recherche et en réduisant les coûts informatiques, Logibec NOAH aide les chercheurs à gagner du temps, à réaliser des économies et à mieux gérer leur énergie. Une telle plateforme facilite les efforts qu’ils engagent pour répondre à des questions de recherche uniques, les aide à jeter des ponts entre les établissements et fait la promotion de l’innovation dans le secteur des soins de santé. Les équipes de recherche s’en retrouvent ainsi positionnées à titre de leaders dans leur domaine. 

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